Завод расположен на пересечении основных водных путей России, связывающих Балтийское, Белое, Каспийское, Азовское и Черное моря.

Завод был основан в 2002 году в г. Петрозаводске на базе модернизированных судоремонтных мощностей Беломорско-Онежского пароходства, созданного в 1944 году.

1944–1992 гг.: ремонтно-эксплуатационная база Беломорско-Онежского пароходства осуществляла ремонт флота и строительство буксиров и несамоходных судов.
1992–1997 гг.: построена серия сухогрузов дедвейтом 2300 тонн по немецкому проекту. Персонал прошел обучение и стажировку в Германии.
1998–2002 гг.: произведена модернизация восьми речных судов типа «Волжский» с их последующим переводом в класс РМРС для работы на перевозках внешнеторговых грузов.
2003 г. завод начал выполнять полный цикл работ по строительству судов.
2015 г. судоверфь приобретена ООО «Онежский судостроительно-судоремонтный завод».